Şu hiç unutulmamalı: Suçun siyasi olması başka davanın siyasileştirilmesi başkadır.

Kilise yargılamasında 14. Louis'nin 1670 yılındaki Buyrultusunda ikrar kanıtların kraliçesiydi. Ne pahasına olursa olsun ikrara ulaşılmalıydı. İkrarı elde etmek için onurlar çiğnense bile her yönteme başvurulurdu. İşkence yasaldı. Bu sistemin adı yasal kanıta yaslanan engizisyondur.

Aydınlanma bu tiksindirici zorbalığı yıktı. Çağcıl hukukta her şey kanıt olabilir. Kanıtlar arasında sıradüzeni olamaz. Kanıtları değerlendiren yargıç bir ikrarı geçersiz sayabilir. Yani maddi gerçeğe ne pahasına olursa olsun değil insana saygı ve hukuka uygun kanıtlarla ulaşılır. Bu sistemin adı kanıt özgürlüğü ve vicdani kanıya dayanan suçlama sistemidir.

Bu bilgilerin ışığında yaşanan ilk yanılgıyı kolayca saptayabiliriz.
1890'lar Fransa'sındaki Dreyfus Davasında olduğu gibi bu davada da Türk kamuoyu ikiye bölünmüştür:
Ergenekon yandaşları hukuki/yöntemsel yanılgılar bahanesiyle esasın karartılmak hatta sulandırılmak "cambaza bak" dolanlarıyla bavulun çalınmak istendiğini; Ergenekon karşıtları ise düşsel kanıtlarla dava açıldığını amacın ideolojik sindirme olduğunu ileri sürüyorlar.
Hukuk yargı bu iki siyasi yaklaşımla da ilgilen(e)mez. Bu yaklaşımların sahipleri davaya Ergenekon dediler