Kutsal çöldeki bir mağaranın duvarından kum taneleri dökülmeye devam etmektedir. Uygarlığın sonunu getirecek olan geriye sayım Ölü Deniz Parşömenleri'nden biri Kumran yakınlarında bir mağarada iki bin yıl kadar gözlerden uzak bir şekilde bekler. Omega Parşömeni hem insanlığı tehdit eden korkunç bir kehanet hem de Vatikan'ın en çok korktuğu şifreli sayı ile ilgili uyarılar taşımaktadır.
Papa'nın sağlığı giderek bozulmakta Başbakan Kardinal olan acımasız Lorenzo Petroni Peter'in Anahtarları'nı elinde tutmaktadır. Onu korkutan üç şey vardır: Kardinal Giovanni Donelli'nin Vatikan Bankası ile ilgili başlattığı soruşturma; gazeteci Tom Schweiker'in Petroni'nin geçmişini araştırması ve en tehlikelisi de çok zeki bir araştırmacı ve arkeolojik DNA konusunda dünyanın en yetkin bilim insanlarından biri olan Dr. Allegra Bassetti'nin savaşın altüst ettiği Kudüs'te Omega Parşömeni'nin parçalarını bir araya getirmeye çalışmasıdır. Donelli Schweiker ve Bassetti yazmanın peşindeki bu nefes kesen yarış sırasında kendi hayatları için de mücadele ederken Vatikan bu kehanetin gizli kalması için ne gerekiyorsa yapmaktan çekinmeyecektir.
Virginia Langley'deki CIA karargâhında ise Mike McKinnon kayıp nükleer bavul bombalarını araştırmakta ve bu bombaların Omega Parşömeni'ndeki kehanetlerle ilgili olduğundan kuşkulanmaktadır.