Peygamber'in vefatından hemen sonra başlayıp günümüze kadar Müslümanları en fazla meşgul eden sorunlardan biri yönetim sorunudur. Yönetim sorunu tartışmaları İslâmî ilimler arasında soyutluk ve kuramsallığa en fazla ilgi gösteren ilim olan Kelâm'ın da hareket noktasını oluşturmuştur. Mu'tezîle'nin ilk temsilcileri yönetim sorunu konusunda daha objektif ve tutarlı yaklaşımlar sergilemiş olmalarına rağmen daha sonraki Mu'tezîlî öncüler Şiî İmamet teorisine cevap verme yarışı içine girmişlerdir. Bu bakımdan Ehl-i Sünnet ile aynı noktada buluşmuşlardır. Muhalefet döneminde Mu'tezîle irade hürriyetine ve dolayısıyla insanın sorumluluğuna vurgu yaparak yönetim biçimini saltanata dönüştüren ve bunun meşruiyetini cebrî/determinist öğreti ezelî kader doktrini ve ilâhî kaynaklı iktidar iddialarıyla sağlamaya çalışan Emevî yönetimine karşı muhalif bir tavır sergilemiştir. Mu'tezîlî muhalefet toplumun birlik ve bütünlüğünü sürekli tehdit eden fanatik Haricî örneğinden farklı olduğu gibi ahlâkî gevşekliğe ve sorumsuzluğa yol açan Mürciî muhalefet örneğinden de farklıdır. İktidar döneminde ise Mu'tezîle iktidarın gücünü arkasına alarak rakiplerine karşı sindirme politikası uygulamıştır. Abbasî yönetimi Mu'tezîlî temsilciler ve onların görüşleri aracılığıyla resmi kovuşturma (Mihne) sürecini başlatarak muhalefeti yok etme yoluna gitmiştir. Mihne süreci hem Mu'tezîle'nin hem de İslâm düşüncesinin tarihî seyrini derinden etkilemiştir. Bu politikaların uygulanmasında iktidar ile ortak hareket eden Bağdat ekolüne mensup Mu'tezîlî temsilciler bu sürecin sonuçlarına katlanmak zorunda kalmışlardır. Resmî kovuşturmanın faturası Mu'tezîle'ye çıkarılmıştır.