Hicrî 150/Miladî 767 yılında Filistin'in Gazze şehrinde doğdu. Babası İdris bir iş için Gazze'ye gitmiş orada iken vefat etmişti. Dedelerinden biri olan Şafiî İbn es-Sâib'e nisbeten Şafiî olarak bilinir. Soyu Kureyş kabilesinden Abd-i Menâf'ta Hz. Peygamber'in soyuyla birleşir.

Henüz küçük yaşta iken babasını kaybeder. Fakir bir şekilde yaşayan annesi oğlunu alıp Mekke'ye gitmeğe karar verir. Mekke'de daha küçük yaşta kendisini ilme veren İmam Şafiî yedi yaşında Kur'ân-ı Kerim'i; on yaşında da İmam Mâlik'in el-Muvatta' adlı hadis kitabını ezberlemiş ve on beş yaşına geldiğinde fetva verebilecek bir seviyeye ulaşmıştı.

Bundan sonra yirmi yıla yakın bir süre çölde Huzeyl kabilesi içinde yaşayarak fasih Arapça'yı ve câhiliye şiirlerini öğrendi. Hatta Asmaî onun hakkında; "Huzayl'in şiirlerini Kureyş'ten Muhammed b. İdris denen bir genç ile düzelttim" demiştir. Böylece edip ve Arapçada söz sahibi olmuştur.

Akabinde birçok alimden hadis okudu. Mekke valisinin bir tavsiye mektubu ile Medine'ye gitti. Burada İmam Mâlik'e el-Muvatta adlı eserinin tamamını arzetti. Daha sonra tamamen fıkha yönelerek İmam Mâlik'ten Hicaz fıkhını öğrendi. Şafiî'nin eşsiz kavrayış ve üstün zekâsını müşahede eden İmam Mâlik ona şu anlamlı tavsiyede bulundu: "Muhammed! Allah'tan kork günahtan sakın; çünkü ben senin büyük bir şahsiyet olacağını ümid ediyorum. Gönlüne Allah'ın koymuş olduğu bu nuru günahla söndürme."

Medine'de İmam Mâlik'ten fıkıh ve hadis ilmi aldı. Süfyan b. Uyeyne'den Fudayl b. İyâz ve amcası Muhammed b. Şâfi' ve diğerlerinden hadis rivayet etti.

İmam Şâfiî bu arada çalışmak zorunda olduğu için bir süre Yemen'e gitti. Yemen kâdısı Mus'ab b. Abdillah el-Kureşî orada kendisine resmî bir iş bulmuştu. Bu arada Halîfe Hârun er-Raşîd Hz. Ali taraftarlarının bir harekâtından korkuyordu. Yemen tarafından yakalanıp getirilen Şiîler arasında -Şiî olmadığı halde- Şâfiî de Medîne'de Halîfe'nin huzuruna çıkarıldı. Suçsuzluğu anlaşılınca Halife onu serbest bıraktırdı ve maddî yardımda bulundu. Sonra H.183 ve 195'te Bağdat'a gitti. Orada Muhammed b. Hasan eş-Şeybânî'den Irak fakihlerinin kitaplarını okudu. Onunla fikir alış verişinde bulundu.

İmam Şâfiî bundan sonra H. 187'de Mekke'de ve 195'te Bağdat'ta İmam Ahmed b. Hanbel (Ö. 241/855) ile buluştu. Ondan Hanbelî fıkhını ve usulünü Kur'an'ın nâsih ve mensuhunu öğrendi. Bağdad'ta onun eski mezhebinin esaslarını ihtiva eden "el-Hucce" adlı eserini yazdı. Sonra H. 200'de görüşlerinin en çok yaygınlaşacağı Mısır'a gitti. 204/819'da Receb'in son cuma günü Mısır'da vefat etti ve orada defnedildi (el-Hudarî Tarihu't-Teşrîi'l-İslâmî Kahire 1358/1939 s. 254 vd.; Muhammed Ebû Zehra Usulü'l-Fıkh Kahire t.y. s.12 vd.; ez-Zühaylî el-Fıkhu'l İslâmî ve Edilletüh Dimaşk 1405/1985 I 35 36; Hamdi Döndüren Delilleriyle İslâm Hukuku İstanbul 1983 9 78 vd).

İmam Şâfiî'nin "er-Risâle" adlı eseri fıkıh usulünde ilk kaleme alınan usul kitabıdır. Hanefilerde usul müctehid imamlar devrinde yazılı bir eser haline getirilmemiş daha sonra fürûdan hareket edilerek usûl kaideleri belirlenmiştir. İmam Şâfî işin başında er-Risâle'yi yazarak sonraki Şâfiî bilginlerini bu külfetten kurtarmıştır. İmam Şâfii'nin "el-Ümm" adlı eseri ise Mısır'da mezhep görüşlerini kapsayan bir fıkıh eseridir.
Onun ilmî ve edebî şahsiyeti yanında takvâsı olgun karakteri ve güzel ahlâkı da zikredilmesi gereken hususlardandır. Kendisine Sıffın meselesi sorulunca şu anlamlı cevabı vermişti: "Ömer b. Abdülazîz'e Sıffîn'da ölenler sorulunca o; "Allah'ın elimi bulaşmaktan koruduğu kanlardır" demişti. Şimdi ben de dilimi bu kana bulaştırmak istemiyorum."

Öğrencileri onun hakkında "Şafiî Hz'leri bir âyeti tefsir etmeye başlayınca sanki o âyetin indirilişini görmüş gibi büyük bir vukufla konuşurdu" derler.