Dini köklere vurgu dini metinlerin literal anlamlarını öne çıkarma ve materyalist modernlik anlayışına dolayısıyla seküler devlet ve toplum projesine tepki köktencilik kavramının dini geleneklerde ortak kullanım alanı bulmasını sağlamıştır. Bu çerçevede son otuz senede oluşan köktencilik literatürü içinde köktencilik kavramının özellikle dinlerdeki radikal ve militan akımları tasvir etmek için kullanılan genel bir akademik terim haline geldiği görülmektedir. Araştırmada köktencilik kavramı Yahudi Hıristiyan Müslüman Hindu ya da Budist herhangi bir grubu şeytanlaştırmak veya evcilleştirmek için değil; bu problemi daha iyi anlama ve sorgulama kaygısı içinde analitik bir araç olarak kullanılmıştır. Çalışmada Müslüman köktenciliği Tarihsel Yaklaşım Dini Yaklaşım Sekülerleşme Yaklaşımı ve Popüler Yaklaşım şeklinde isimlendirilen dört operasyonel köktencilik tanımı çerçevesinde değerlendirilmiştir.

Araştırmaya yön veren operasyonel tanımlarla birlikte Müslüman köktenciliği içerden ve dışarıdan iki açıklama seviyesinde ele alınmaya çalışılmıştır. İçerden bakış açısı Müslüman köktenciliğinin kendi içyapısı ya da özel metinlerinin dikkate alınarak tasvir ve tahlil edilmesi anlamına gelirken; dışarıdan bakış açısı problemin "dünya sistem analizi" teorisinden hareketle küresel kapitalizm bağlamında değerlendirilmesi manasına gelmektedir. Araştırmada öne çıkan kavramsal ve kuramsal yönelimler yüksek din öğretimi lisans ve lisansüstü öğrencileri üzerinde test edilmeye çalışılmıştır. Yine araştırmanın sonunda Müslüman köktenciliğini bir yapı değil; farklı determinantların etkisi altında şekillenen dinamik bir süreç olarak açıklayan bir Müslüman köktenciliği modeline yer verilmiştir.