17 Şubat 1877'de Cenevre'de doğdu. Hiç okula gitmedi. Ermeni asıllı Rus Anarşist eğitmen Aleksandr Nikolayevic Trofimovski tarafından evde eğitildi. Çok genç yaşlarda Fransızca Almanca İtalyanca ve İbranice konuşup yazabiliyor; Arap diline ve kültürüne hâkimiyeti sayesinde Arap âlimlerle mektuplaşabiliyor Arapçadan metin çevirileri yapabiliyordu. Şark ülkelerine duyduğu ilgi aldığı eğitimle desteklendi ve küçük yaşta Müslüman oldu. Kadın aleyhtarı sosyal kuralların hâkim olduğu yıllarda dikkat çekmemek ve tepki almamak için erkek kıyafetleri içinde Cenevre sokaklarında geziyor sosyal çevrelere karışmaya çalışıyordu. Kadınların seçme haklarının tartışıldığı yıllarda Cenevre'den kalkıp Bedevi Arap erkeği kıyafetleri içinde Cezayir'e geldi. Cezayir'in en ücra bölgelerine Tunus sahillerine kadar uzanan seyahatlerinde hiç durmadan gördüklerini duyduklarını ve hissettiklerini yazdı.
Fransız emperyalistlerin işgali altındaki coğrafyalara yaptığı yolculuklarda hep Arapların yaşadığı mahallelerde halkla içli dışlı yaşadı. Anarşist öğretmeninden aldığı Edebiyat Tarih ve Botanik eğitimlerinden dolayı kendisini Tunuslu talebe veya Tıp öğrencisi olarak tanıtmakta zorlanmadı. Ajan Misyoner Provokatör suçlamalarına maruz kaldı ve Fransız medyası tarafında linç edildi. Cezayirli bir Ticani müridinin maşa olarak kullanıldığı suikast girişiminden yaralı kurtuldu ancak 21 Ekim 1904 tarihinde yaşanan ve tarihe 'Ayn Sefra Felaketi' olarak geçen sel felaketinden kurtulamadı. Ölümündeki gizem hala çözülebilmiş değildir.
'Kadınlar beni anlamıyorlar. Bana garip bir mahlûkmuşum gibi davranıyorlar. Onların suni şeylere karşı besledikleri yapay zevkler için ben fazla sıradanım. Hep aynı konu etrafında dönen bitmek bilmeyen zırva bir komedinin oyuncuları gibiler. Erkek elbiselerinin de giyilebilecek şeyler olduğunu kabul edemiyorlar.'
İsabelle Eberhardt İslam'ın Sıcak Gölgesinde
'Tüketen ve yok eden modern dünyada 'kocalar' duygulara hitap eden varlıklar değildirler. Genç bir kızın hayatı en onursuz ve şapşal bir şekilde bir kocaya özünde son derece gülünç bir varlığa bağlanıyor. Kadının cismani bekâreti artık o varlığa aittir...'     
İsabelle Eberhardt Kum Denizi Jurnal
'Dışarıda yüzüme alaycı kandırıkçı veya patavatsız maskelerimden birini takıyorum... Bugüne kadar hiç kimse o maskenin altındaki; gelenekleri küçümseyen ve garip bir acı çekme ihtiyacı ile sürüklenen var oluş biçimimle tüm zilletlerin ve hainliklerin üstünde duran o gerçek ve hassas ruhu göremedi.'